引种驯化组： 开展我国“三北”及生态相似地区珍稀濒危特和重点类群植物资源（百合科、鸢尾科、毛茛科、蔷薇科、忍冬科、蕨类植物、多肉植物等）的引种保育工作；进行重点或专属植物资源的深度发掘和可持续利用研究工作，争取在资源评价、新品种培育等方面获得突破；植物园引种驯化基础数据库管理系统维护与数字植物园建设，以及相关植物引种驯化基础数据的采集、整理和录入，实现信息共享；为植物园新展区和已建成的专类园区提供所需的活植物材料，并对植物园展区植物的养护提供具体的技术指导和监督。
科普开放组： 依托植物所人才和植物资源面向公众开展形式多样的科普教育活动；立足北京，辐射全国，逐步打造具有重要影响力的科学传播平台和旅游服务基地；出版具有国际影响力的科普读物（指导手册、图册、志书、专业技术书籍等）；配合国家和科学院的战略需求，完成各类科普项目；负责园区科普导游系统、植物名牌、科普标牌和旅游设施的设计制作， 种子交换、以及植物园日常开放的管理工作。
园区规划与管理组： 负责重点类群木本植物资源的栽培管理和展区定植；展区和后台重点保育木本植物信息（包括：栽培定植信息、物候观测信息、繁殖信息等）的采集和数据库录入；植物园展区和温室植物的专业管理和技术指导；植物园专类园区景观设计与优化。
园办公室： 负责日常来访接待、答疑、咨询信件处理与回复、文件的上传下达；负责相关成果数据或报告的整理、整合、上报；协助园主任对各组和个人进行年度绩效考核；植物园文书档案和有关资料的管理，植物园的账目管理工作。
机务队：园林机械维护与管理；协助园区防火管理；协调园务用车；车辆的维护保养。