水生与藤本植物区始建于1973年，并于1975年至1976年进行挖湖堆山，改造原有地形，最终于1981年建成1800平方米的水池及370平方米的水榭花架。目前水生与藤本植物区收集栽培各类水生和藤本植物200余种（含品种），其中莲花、睡莲有100多个品种，比较引人注目的有1952年出土的千年古莲、象征中日友谊的孙文莲、中日友谊莲，以及从国外引进的王莲和我园培育的芡实新品种。藤本植物有紫藤、美国凌霄、南蛇藤、三叶木通、中华猕猴桃等。2009年新建的浅水植物区栽植有香蒲、芦苇、茭白等多种湿地植物。水生与藤本植物区通过水生植物和乔灌木、藤本植物搭配栽植，营造出荷红柳绿的园林水景。水池东侧矗立的“康熙御碑”于上世纪50年代出土于我园，其上篆刻着康熙皇帝赏荷五律一首，其诗收录在圣祖仁皇帝御制文集之中。